Grafkelders
In 2007 werd de vloer van de Grote Kerk vervangen. De werkzaamheden zijn door archeologen begeleid om beschadigingen te voorkomen.
Er zijn veel belangrijke personen begraven in de kerk. De grafkelders zijn nog steeds aanwezig. Ook zijn er tientallen graven in de kooromgang ontdekt.
De graven waren bedekt met zerken en een dikke laag zand. Daardoor waren veel van de graven goed bewaard gebleven. Alleen de beschadigde of ingestorte graven zijn volledig onderzocht.
Rijke stinkerd
Vroeger was het een teken van aanzien om in een kerk begraven te worden. Hoe dichter bij het altaar, hoe meer indruk het maakte. Na 1830 was dit verboden om hygiënische redenen en de stank. Hier komt dus de term ‘rijke stinkerd’ vandaan.
Beroemde Nederlanders
In de Grote Kerk ligt een aantal beroemde Nederlanders begraven, waaronder Constantijn en Christiaan Huygens. Waar ze precies liggen, is niet met zekerheid te zeggen.
Knekelkelder
Archeologen deden nog een opvallende ontdekking: een grote kelder met daarin duizenden schedels en beenderen, een zogenaamde knekelkelder. Bovenop de resten van de botten lag een pakket zand met daarin gebrandschilderd glas. Ook kwamen de resten van een muur tevoorschijn. Waarschijnlijk is dit de eerste stenen muur uit de 14e eeuw. De kerk was vroeger van hout.
Kerkhof
In 2017 zijn tientallen begravingen in kisten en ook los skeletmateriaal gevonden. Dit zijn de resten van het kerkhof rond de Sint Jacobskerk. Het kerkhof werd omgeven door een muur waarvan ook delen zijn opgegraven.
Op het kerkhof lagen duizenden mannen, vrouwen en kinderen wiens familie niet rijk genoeg was voor een graf in de kerk. Hun namen zijn niet bekend. Aan de noordzijde van de kerk werden vanaf het midden van de 16e eeuw ook mensen begraven die aan besmettelijke ziekten waren overleden.
Er zijn vanaf het einde van de 13e eeuw mensen begraven rond de kerk die toen veel kleiner was. Het kerkhof zal tegelijk met de vergroting van de kerk zijn uitgebreid.
De laatste begravingen dateren uit het einde van de 17e eeuw.
